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倘若观察一下一些现存的动物群和植物群，我们就更能清楚地了解这种困难。欧洲的生物最近几年以极大的数量扩展到新西兰，而且掠夺了那里很多土生土长动植物之前的位置，因此我们应当相信，倘若把大不列颠的全部动物和植物运到新西兰去，大量英国的动植物随着时间的流逝或许能彻底地适应那里，并且会消除掉大量土著的类型。同时，以前基本上没有任何南半球的生物曾在欧洲的哪个地方变成野生的，按照这一情况，倘若把新西兰的所有生物都运到大不列颠去，我们非常怀疑它们中间能否有大量的数目可以占据现在被英国生物掠夺去的地盘。根据这种看法，大不列颠的生物的等级要远高于新西兰的生物。但是经验最丰富的博物学家，依据对两地物种的考察，并未预见到此种结果。
阿加西斯以及别的众多能力很强的鉴定者都坚定地认为，古代动物与同纲的近代动物的胚胎在一定程度上是相似的；并且灭绝类型在地质上的演替和现存类型的胚胎发育是基本上平行的，此种看法与我们的学说相当吻合。在下面的一章里我应该阐述成体和胚胎的不同是因为变异在一个不怎么早的时期产生、而在一定年龄获得继承的原由。这种过程，让胚胎基本上维持不变，并且让成体在接续的世代中继续不停地增添变异。所以胚胎似乎是被自然界保存下来的一张图画，它记录着物种以前没有发生过很大变化时的形态。此观点或许是对的，但或许始终无法得到证实。比如，最老的既知哺乳类、爬行类和鱼类都严明地属于其本纲，尽管它们之中某些老类型相互之间的差别比现在同群的代表成员相互之间的差别小一点，然而想找到拥有脊椎动物共同胚胎性状的动物，如果不等到在寒武纪地层的最下层找到含丰富化石的岩床以后，或许是不可能的--但找到这种地层的概率是相当小的。
第三纪末期同一区域内相同模式的演替
克利夫特先生很多年前曾表明，从澳洲洞穴内发现的化石哺乳动物和该洲现存有袋类是紧密相似的。在南美洲拉普拉塔的一些地方找到的类似犰狳甲片的特大甲片中，一样的关系也相当明显，就连普通人也能看出来。欧文教授曾用最动人的形式表明，掩埋在拉普拉塔的大量化石哺乳动物，大部分与南美洲的模式有关联。在伦德和克劳森从巴西洞穴中搜集到的大量化石骨中，能更加清楚地见到此种关联，这类情况留给我的印象特别深刻。在1839年和1845年，我曾坚定地主张“模式演替的规律”和“相同陆地上死者和生者的奇异关系”。后来欧文教授把此种理念推广到“旧世界”的哺乳动物那里去。在此作者复制的新西兰已灭绝的超大型鸟中，我们发现了一样的规律。在巴西洞穴的鸟类中也能够发现相同的规律。伍德沃德教授曾表明相同的规律也适合于海栖贝类，然而因大部分软体动物分散范围广泛，因此它们并未非常好地体现出此种规律。还能够列举出别的事例，例如马得拉灭绝的陆栖贝类同现存陆栖贝类之间的联系，以亚位尔里海灭绝的碱水贝类同现存碱水贝类的联系。
那么，相同地区相同模式的演替这一值得关注的规律的意义为何呢？倘若有人比较完处于同一纬度的澳洲与南美洲一些地区的现存气候以后，就试图通过物理条件的不一样来说明这两个陆地上生物的差异，而另外又用相同的物理条件来说明第三纪后期内每个陆地上相同模式的共同点，那么，他可称为大胆了。也不能就说有袋类大多数或只产于澳洲；贫齿类与别的美洲模式的动物只在南美洲产生，是一种固定的规律。原因是众所周知，在古代欧洲曾生活过很多有袋类动物，而且我在上述出版物中曾经阐述过美洲陆栖哺乳类的分布规律，在以前和如今是不一样的。以前北美洲在很大程度上拥有该大陆南半部分的特质；南半部分以前也比现在更加紧密地与北半部分相似。按照福尔克纳和考特利的考察结果，一样的我们了解到印度北部的哺乳动物，与现在相比，以前更加紧密地相似于非洲的哺乳动物。对于海栖动物的散布，也能列举出相似的事例。
依据伴随着变异的生物起源学说，相同区域内相同模式长久地但并不是固定地演替这一伟大规律，便立即得到解释；由于地球上每个地方的生物，在此后持续的时间内，明显地都趋向于把紧密相似同时又有一定程度变异的后代遗留在此地，倘若一块陆地上的生物与另一块陆地上的生物以前曾有非常大的差别，那么其变异了的后代就将依照基本相同的模式和程度产生更加大的差别。不过经历漫长的间隔时期之后，以及经历了准许大规模互相迁移的极大地理改变之后，更占优势的类型会抢占较弱的类型的位置，这样生物的散布情况就肯定不会固定不变了。
或许有人用讥笑的语气提问，我是不是曾假设以前在南美洲栖住的大懒兽及别的类似的大怪物曾留下树懒、犰狳和食蚁兽作为其退化了的后代。这是绝对不能承认的。这类超大型动物曾彻底灭绝，未遗留下后代。然而在巴西的洞穴里有很多灭绝的物种在大小和所有别的特性上紧密地相似于南美洲的现存物种，这类化石中的一些物种可能是现存物种的真正祖先。一定不要忘了，依照我们的学说，同属的所有物种全部是某一物种的后代，因此，倘若存在各有八个物种的六个属，在一个地质层中被发现，并且有六个别的相似的或典型的属在连续的地层中被发现，它们也拥有相同数量的物种，那么，我们可以断定，基本上每个较旧的属仅有一个物种会遗留下变异了的后代，形成包含某些物种的新属，每个旧属的其余七个物种都将灭绝，不会遗留下后代。还有更一般的情况，就是六个旧属里仅有两个或者三个属的两个物种或者三个物种是新属的双亲，别的物种及其余旧属全都灭亡，在衰落的目里面，比如南美洲的贫齿类，属和物种的数量全部在不断地减少，因此仅仅有更加少的属与物种可能遗留下其变异了的嫡系后代。
前章与本章提要
我曾企图说明，地质记载是相当残缺不全的；地球仅有一小部分曾被认真地做过地质学的探查；在化石状态下仅有一些纲的生物大多数被留存下来了；在我们博物馆内保留的标本及物种的数量，就算只和一个地质层内所经过的全部时代数量相比较也几乎是零。
因为陷落对富含很多类化石物种并且厚到能够抵挡将来侵蚀作用的沉积物的垒积基本上是必要的，所以，在大部分连续地质层之间一定有漫长的间隔时期；在下陷时代的灭绝生物可能更加多，在上升时代可能会发生更加多的变异同时记录也保留得更加不完整；每个单独的地质层并非持续不断地堆积起来的；每个地质层的存续时间比较起物种类型的平均寿命，可能要短些；在一切区域内以及所有地质层中，迁移对新类型的首次产生，用处是相当重要的；那些变异频率最高的、并且常常形成新种的物种是分散比较广泛的物种；变种起初是局部性的；最后一点，诸物种尽管一定要经历许多的过渡阶段，然而每个物种发生改变的时期假若通过年代来计算或许是相当长的，但比每个物种停留不变的时期，还是短的。倘若把这类原因放在一起来看，就能够大概说明为何我们未找到中间变种。尽管我们确实曾经找到过很多连锁用特别微小级进的阶梯连接起所有灭绝的和现存的物种。还应当常常记住由于不能说我们已经拥有什么确切的标准，能用以辨识物种和变种，因此两个类型之间的所有中间变种，可能会被发现，不过若非整个连锁都被发现，便会被列为新的、界限明显的物种。
所有不接受地质记载是残缺不全的这个观点的人，自然无法接受我们的所有学说，因为他会白费工夫地提问，从前一定曾把相同大地质层中连续阶段里找到的那些紧密相似物种或典型物种连接起来的许多过渡连锁在何处呢？他不会相信在连续的地质层之间必定要经历漫长的间隔时期；他会在研究任意某个大地域的地质层时，像欧洲那般的地质层，察觉不到迁移有着多么重要的影响；他会强调整个物种群显然是（然而往往是假象的）忽然产生的。他会问：一定有无数的生物在寒武纪堆积起来的很久之前生存，但其遗骸在何处呢？如今我们了解的是最起码有一种动物那时的确曾经出现过；然而，我只能依据下面的设想来答复最后这个问题，就是现在我们的海洋所伸展之地，已然存在了一个相当漫长的时期，上下升降着的陆地在它们现在所处之地，从寒武纪形成以来就已然存在了；而远在寒武纪之前，地球上出现的是根本不一样的另一番情景；由更古地质层变化而来的古陆地，现在仅保存着变质状态的遗物，或许还掩埋在海洋之下。
倘若攻克了这类难点，古生物学的另外一些主要重大事实就同依据变异和自然选择的生物起源学说非常符合。因此，我们就能明白，新物种为何是缓缓地、持续地形成的；为何不同纲的物种不一定要同时发生改变，或者以相等速率、相等程度发生改变，但是所有生物毕竟都有某种程度的变异产生，新类型的形成几乎必定会导致旧类型的灭绝。我们可以明白为何某一物种一旦消亡就再也不会出现。物种群数量的增添是徐缓的，其留存时间也各不相同：原因是变异的过程一定是徐缓的，并且被许多繁复的偶然事件所决定。优势大群中的优势物种有将许多变异了的后代遗留下的趋向，新的亚群与群便由这些后代构成。当这类新群产生以后，实力较弱的群的物种，因为从某个相同祖先那里继承到了低劣性质，就具备了整个灭绝、并且不遗留下变异了的后代的趋向。然而由于有一小部分后代会在受保护的和孤立的环境中残留下来，因此物种全群的彻底灭绝往往要经过一个徐缓的历程。某一个群倘若一旦彻底灭绝，就永不重现；原因是世代的连锁已经中断。
我们可以明白为何分散广的和形成最多数量的变种的优势类型，有通过相近的但变异了的后代在扩散的趋向；这些后代通常都可以成功地击败那些在生存竞争中比较低下的群。所以，经历长时间的间隔时期以后，地球上的生物就表现出曾经一起发生改变的情形。
我们可以明白，为何从古至今的所有生物类型汇集起来仅有很少的几个大纲。我们可以明白，因为性状分歧存在延续趋向，为何越是古老的类型，它们通常和现存类型之间的差别就越大；为何古代的灭绝类型经常有将现存物种之间的间隙填补起来的趋向，它们常常把之前被划分为两个不同的群结合成一个：不过更经常的是仅仅将它们稍稍拉近一点。类型越古老，它们在一定程度上便越加经常介于如今相异的群之间；原因是类型越古老，它们越相近于大大分歧以后的群的同一祖先，结果也越加相似。灭绝类型基本上不直接归入现存类型，而只是经由别的不一样的灭绝类型的漫长且曲折的路，处于现存类型之间。我们可以清楚地知晓，为何紧密连续的地质层中的生物遗骸是紧密相似的，这是因为它们被永远紧密地连接起来了。我们可以清楚地知晓为何中间地质层的生物遗骸具备中间性状。
历史中诸连续时代里的世界生物，在生存斗争中击败了其祖先，并对应地在等级上得到了提高，其结构通常也变得更为专业化；这能阐明许多古生物学者的一般理念--就总体而言，构造是进化了。灭绝的古代动物在一定程度上相似于同纲中离我们的时代更近的动物的胚胎，依据我们的看法，这种奇怪的事实就得到了简明的解说。晚近地质时代中形成的相同模式在相同区域中的演替已经不是个秘密了，按照遗传原理，它是能够理解的。
如此，倘若地质记载是如同很多人所相信的那样残缺不全，并且，倘若最起码能确定此记载无法被证实更加完整，那么反对自然选择学说的主要不同意见将大为减少甚至没有了。另一方面，我觉得，所有古生物学的主要规律清楚地宣示了，物种是由一般的繁殖产生出来的：新而进化了的生物类型取代了旧类型，新进化的类型是“变异”及“最适者生存”的产物。