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我们分类通常显著地受到亲缘关系的连锁影响，确定全部鸟类所共有的很多性状是最容易不过的了；可是在甲壳类里，如此的肯定直到目前还被看成是不可能的。有一些甲壳类，它的两个极端的类型差不多无一种性状是共同的；但是两极端的物种，因为十分的近似于其他物种，但是这些物种又近似于另外的一些物种，如此关联下来，就能够明确地认为其属于关节动物纲，而非属于别的一些纲。
地理分布也经常被应用在分类中，尤其是被用在密切近似类型的大群的分类里，即便这并不算十分合理。爱明克主张此方法在鸟类的一些群中是有用的、甚至是不可缺少的；一些昆虫学者与植物学者也曾采用过此方法。
最后，对于每一物种群，如目、亚目、科、亚科及属等的相对价值，照我来说，至少在目前，差不多是随意估定的。某些最优秀的植物学者像本瑟姆先生和其他人士，曾都鲜明地主张其随意的价值。可以列举一些有关植物与昆虫的事例，比如，某一群开始被有经验的植物学者仅仅归类为一个属，后来其又被提升为亚科或科的等级：此般做并非由于进一程度的研究发现到以前开始没有看到的重要结构的差异，却是由于有着略微不同级进的各种相差无几的很多近似物种之后被找到了。
全部上述分类上的规则、根据与难点，假如我的看法无多大错误，都能依照下述观点得以说明，那就是，“自然系统”的依据是伴随着变异的生物起源学说的；博物学者们觉得两个或两个以上物种之间那些可以显现真实亲缘关系的性状都遗传自相同祖先，全部真实的分类都是依照家系的，共同的家系即博物学者们无意识地追求的不易发觉的纽带，而并非一些未知的创造计划，也并非普通命题的说明，更非简单地把多少相似的对象混合。
然而我应该更充分地说明我的观点。我确信每一纲中的群依据适当的从属关系和相互间关系的排列，应该是严格系统的，这样方能达到自然的分类；然而一些分支或群，近似程度虽和共同祖先血统的关系是等同的，但由于它们经历程度不一样的变异，它们的差异量却大有不同；这是由这些类型被归在不相同的属、科、部或目中而表现出来的。倘若读者不怕麻烦去参阅第四章的图解，便能非常好地理解这里所讲的意思。我们设定由A至L代表在志留纪生存的近似的属，而且其传自于某一更古老的类型。其中三个属（A、F与I）中，都有一个物种流传下变异了的后代至今，而在最高横线上的十五个属（a14至z14）就是其代表。
那么，传自于单一物种的一切这些变异了的后代，血统上、及家系上都有着相同程度上的关系；可以把它们比作是第一百万代的宗兄弟；但是它们相互之间有着广泛及不同程度的差异。传自于A的、现在分为两个或三个科构成一目，但是传自于I的，也分为两个科，构成了其他的目。传自A的现存物种已不可以和亲种A归入相同个属；传自于I的物种也无法和亲种I归入相同个属。能够设定现存的属F14只有相当少的改变；所以能够与祖属F同归一属，就如一些少数目前依旧存在的生物属于志留纪的属一样。因而，这些在血统上都经由相同程度彼此关联的生物之间所显明的差异的相对价值，就很不一样了。即便这样，其系统的排列不单单在目前是真实的，而且在后代的每一连续的时期中也同样是真实的。
传自于A的全部变异了的后代，都在其共同祖先那遗传了一些相同之物，传自于I的全部后代也是如此；在每一连续的阶段上，后代的各个从属的分支也都是如此。可是倘若我们设定A或I的全部后代变异得这样的大，因而丧失了其出身的全部痕迹，在此情况下，它在自然系统中的地位被丧失了，一些少数现存的生物似乎以前发生过此种情况。F属的全部后代，顺着其整个系统线，设定只有非常少的变化，它们便构成单独的一属。可是此属，尽管很孤立，就会占据它应有的中间地位。表示群，就像这里用平面的图解指出的，太过于简单了。分支应向各个地区分出去。假如把群的名称仅仅是简单地在一条直线上写出，该表示就更加不自然了；而且众所周知，我们在自然界中在同一群生物间所了解的亲缘关系，通过平面上的一条线表示出来，肯定是不可能的。因此自然系统就如宗谱一般，在排列上是按照系统的；可是不同群曾所经历的变异量，应该通过以下方法来显示，那就是把它们归于不同的所谓属、亚科、科、部、目和纲中。
通过一个语言的例子来说明此种分类观点，是很有用的。倘若我们拥有人类的完好的谱系，则人种的系统的排列将会对目前整个地球上全部不同语言提供最佳的分类；倘若把全部目前不用的语言及全部中间性质及慢慢变化着的方言也包含在内，则如此的排列将是唯一可能的分类。可是一些古代语言也许变化很少，而且新语言的产生也占少数，但另外的古代语言由于同宗的各族在分布、分隔以及形态方面的关系以前有很大的变化，所以产生了很多新的方言与语言。相同语系的每一语言之间的或多或少的差异，应该用群下有群的分类方法来加以说明；可是正当的、甚至唯一可能有的排列依然是系统的排列；这将是严格自然的，因为它依照最密切的亲缘关系连接了全部的古代与现代的语言，而且指出各个语言的分支及起源。
为了让此观点得到证实，我们来观察一下变种的分类，变种是已经明白或者确信传自于单独某个物种的。在物种之下这些变种群别集合，在变之下亚变种又被集合；在一些情况下，像家鸽，还有别的一些等级的差异。变种分类所依照的规则与物种的分类差不多一样。作者曾极力认为依照自然系统而非人为系统来排列变种的必要性；比如，我们被提醒不要纯粹因为凤梨的果实--尽管这是最重要的部分--碰巧基本一样，就把其两个变种归成一类；无人把瑞典芜菁与普通芜菁归为一类，即便其可供食用的、肥大的茎是那样类似。
哪一部分是最稳固的，哪一部分就会应用于变种的分类：比如，大农学家马歇尔说，在黄牛的分类中角十分有用。由于其比身体的形状或颜色等变异要小；反之，在绵羊的分类中，角的用处则明显地减少了，由于其不算很稳定。变种的分类上，我觉得倘若我们有真实的谱系，将广泛地采用系统的分类；而且这在若干情形中已被试用过。因为我们能够确定，无论变异有多少，遗传原理常常会把那些类似点最多的类型聚集在一块。对于翻飞鸽，即便一些亚变种在喙长这一重要性状上有所差异，然而由于都有翻飞的共同习性，还是将它们聚合在一起；不过短面的品种已经差不多或者完全丧失了此种习性：尽管这样，我们并不考虑此点，还会把它同别的翻飞鸽归入一群，因为其血缘相近，并且在另外的方面也有相似的地方。
有关自然状态下的物种，事实上所有的博物学者都已依照血统进行分类；由于他把两性全归纳在最低单位，也就是物种中，而在最重要性状上有时两性显明了这般巨大的差异，是所有的博物学者都了解的；某若干蔓足类的雄性成体与雌雄同体的个体之间差不多没有什么相同的地方，然而没有人梦想过把它们分开。三个兰科植物的类型那就是和尚兰、蝇兰和须蕊柱，曾经被归到三个不同的属，一旦发现有时它们会在同一植株上产生出来时，它们便马上被当做是变种，可是现在我可以说明它们是同一物种的雄体、雌体以及雌雄同体。相同个体的各种不同的幼体阶段被博物学者都归在同一物种中，无论其相互之间的差异以及和成体之间的不同之处有多大，斯登斯特鲁普所说的交替的世代也是这样，仅仅在学术的意义上它们才会被认为属于同一个体。畸形与变种又被博物学者归到同一物种，并非由于它们部分相似于亲类型，而是由于它们都是传自于亲类型的。
因为广泛的血统被用来把相同物种的个体归为一类，即便雄者、雌者以及幼体有时十分不相同，又由于血统曾被用来对发生过某种程度的变异、以及偶尔发生过极其大规模变异的变种进行分类，难道血统这相同因素曾经没有无意识地被用于集合物种为属，集合属为更高的群，把全部都在自然系统的下面集合吗？我确定它已被无意识地应用了；而且只有如此，我才可以理解我们最卓越的分类学者所运用的一些规则与指南。由于我们缺少记载下来的谱系，我们就必须通过任何种类的类似之点来寻找血统的共同性。因而我们才选择那些在各个物种近期所处的栖息条件中最难于产生变化的性状。
由此观点来看，残迹器官和体制的别的部分在分类上一样的适用，甚至有时更为适用，我们无论某种性状多么细小--比方颚的角度的大小，昆虫翅膀折叠的方式，皮肤被覆盖着毛或羽毛--倘若它在很多不一样的物种中，特别是在生活习性有较大差异的物种里普遍存在，它的价值就很高；因为我们只能通过来自同一祖先的遗传去说明它为何在习性这样不同的这样众多的类型中存在。倘若只依照结构上的单独一点，我们便可能在此方面犯错误，然而倘若若干即便十分不重要的性状同时在习性不一样的一大群生物里存在，依据进化学说，我们差不多能够肯定这些性状是传自同一的祖先的；而且我们了解此种集合的性状在分类上有着特殊价值。
我们可以明白，为何某个物种或某个物种群能够在一些最重要的性状上离开其近似物种，可是还可以有把握地和它们分为一类。只要有数目充足的性状，不论它们如何不重要，只要泄露了血统共同性的不易发觉的纽带，就能极有把握地进行这样的分类，并且是经常这样做的。尽管两个类型无一个性状是相同的，可是，倘若有很多中间群的连锁在此些极端的类型之间把其连接起来，我们便能很快地推断出其血统的共同性，而且把它们放于相同的纲中。由于我们发现在生理上有着很高的重要性的器官--在相异程度很大的生存条件下用以保存生命的器官--往往是最稳定的，因而我们赋予其特殊的价值；然而，倘若这些同样的器官在别的一个群或同群的另一部分中被发现有非常大的差异，我们就马上在分类中降低其价值。我们将马上看到为何胚胎的性状在分类上有着如此高的重要性。有时地理分布在大属的分类中也能够有效地运用，因为生活在所有不同地区与孤立地区的同属的全部物种，大致都是传自于相同祖先。
同功的相似--依照上述观点，我们就可以知道真实的亲缘关系和同功的也就是适应的相似之间有十分重要的区别。拉马克第一个注意到此问题，其后的有麦克里与别的一些人士。儒艮与鲸鱼之间在身体形状与鳍状前肢方面的类似，还有两目的哺乳类与鱼类之间的相似，都是同功的。不同目的鼠与鼩鼱之间的相似也是同功的；米伐特先生所极力说明的鼠与某种澳洲小型有袋动物袋鼠之间的更为密切的相似也是如此。照我来说，最后这两种相似能够依照以下得以说明，即适宜在灌木丛与草丛中做类似的主动的活动并对敌人隐避。
在昆虫中也有很多类似的例子；比如，林奈以前被外部表象所迷惑，竟把某个同翅类的昆虫分到了蛾类。甚至在家养变种中，我们也能够见到大致一样的情况，比方说，在体形方面中国猪与普通猪之间的改良品种明显的类似，但是它们却传自于不一样的物种；又比方说普通芜菁与不同物种的瑞典芜菁类似于在肥大茎部上。细躯猎狗与赛跑马之间的类似比起一些作者对相异甚远的动物所描述的类似并没有更为奇特。