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虽然我不能完全肯定它的存在性，却能从历史中寻找到它的身影。
在中国的神话中记载了一个女娲补天的神话，里面讲到女娲炼五彩石补天。这个神话其实并不是神话，而是远古时代发生的一次行星相撞，这次相撞的结果给当时的人类带来了一种特别的物质，这种物质可能就是魔法石。中国后来的东南西北四个方位分别用青、红、白、黑四种颜色代表，这都与炼金术中物质变化过程非常相似，将青色看做青铜，那么经过红化、白化及黑化之后将会变成黄金，而中国的地理方位中心就是黄色，这就意味着中国古老的五行学说与炼金术有关。
而当时的人类社会正处于母系氏族社会，取而代之的父系氏族社会显然要争夺这个十分珍贵的东西。于是，这支部落带着这个宝物离开了原来的地方向西而行，他们西行的路线可能沿现在的四川-甘肃-中东地区-阿拉伯地区，最终可能在阿拉伯半岛停了下来。
为什么是这条路线？因为当时中国的中原地区的冶炼技术并不发达，而周边的四川看似并不发达的地区却有一个三星堆，那里的冶炼技术非常高超，历史比中原地区还要久远，那么，他们的冶炼技术是从哪里来的？到汉武帝时期，中国的冶炼技术也同样落后，按理说汉朝比匈奴的文明先进发达，但是为什么汉朝当时的兵器没有匈奴的锋利坚韧？以至于要求助于西域，索要专门冶炼刀剑的粉。而西域和匈奴的冶炼技术和冶炼粉末从何而来？比较古代同时期的冶炼技术，中东地区高于中国，这一切都似乎在指向这条西行之路。而历史上的丝绸之路其实并不是最早通往西方的路，在这之前，这条路就已经存在了。那么，最终为什么在阿拉伯半岛停下来了？因为那里还是母系氏族，来自中国的这支部落留在了这里，并把他们带来的宝物和冶炼技术献给了自己的同类。之后生活在这个半岛上的女王——拜莱盖丝，也就是《圣经》中提到的示巴女王，她将这个宝物送给了所罗门，最终这个宝物被圣殿骑士团在所罗门圣殿的废墟中找到。
达?芬奇在画里隐藏的秘密究竟是什么？
关于这个问题，我猜想可能就是魔法石。圣殿骑士团在被抓捕之前很可能得到消息，他们将宝藏提前转移，其中可能将魔法石通过秘密的方式交给了教皇，只是这种方式神不知鬼不觉，以至于教皇根本没有觉察到。圣殿骑士团认为他们只要暂避一时，之后再将魔法石取回来，却没想到遭受的打击是摧毁性的，以至于这个宝物现在不知所踪。达?芬奇在为教皇服务的期间，有可能看到过与之有关的文件，并通过他天才的大脑而得知魔法石的所在，于是在他晚年的时候将这个秘密隐藏在了画中。
《蒙娜丽莎》这幅画很特殊，我曾经做过一个实验，当你走近时，你看到的是一位女性，而在五米远的地方看电脑显示屏上的画时，我发现她其实变成了一位传说中的宗教人物——耶稣。
达?芬奇擅长画这样的形象，将两者合二为一。至于为什么要这样处理，恐怕只有达?芬奇本人知道。当然，我也做了一个证据不充分的推理，这一点已经在小说中说明。达?芬奇很可能知道魔法石的来龙去脉，因此他将这些特殊的标记藏在了画中。如果你还从这些标记中找不出任何线索的话，那么当你远看这幅画时，你看到的耶稣会让你想到什么？基督教会。基督教会在哪里呢？圣彼得大教堂。而魔法石就藏在那里。这或许是达?芬奇晚年一直将这幅画带在身边的真正原因吧。
这部小说中有多少是虚构的？
小说的故事情节是虚构的，与史实有关的都是真实的，剩下的部分则是推理。具体可以列出：
彗星与行星相撞并在中国中原大地造成大洪水是史实，这一点已经得到证实。
共工祝融之战以及女娲补天神话的原型就是这次是彗星与行星相撞事件，这是推理。
魔法石是否就是彗星与行星相撞事件留下的产物，这是推理。
同时代的中原冶炼技术和三星堆冶炼技术相比落后，也比世界其他地区落后，这是史实。
魔法石是否从中原大地带到红海，最终交给示巴女王，这是推理。
示巴女王带着各种贵重珠宝拜见过所罗门，这是史实，是否将魔法石交给所罗门，这是推理。
圣殿骑士团前往耶路撒冷寻找的宝藏是否是魔法石，这是推理，但很多证据都表明跟魔法石有很大关系。
圣彼得大教堂最初的构想确实是布拉曼特和达?芬奇商量后确定的，这已在达芬奇的手稿中得到证实。
牛顿大分部时间在研究神学和炼金术，这是事实。他是否为了炼金术去铸币厂当厂长，这是推理。
在牛顿的头发里发现了汞元素，这是事实，而汞元素确实是炼金术士们炼金必备的物质之一。